Ecobureau Merula beschikt over twee batdetectors waarbij de meeste vleermuizen niet alleen ter plaatse al kunnen worden gedetermineerd, maar waarbij ook de moeilijk herkenbare soorten opgenomen kunnen worden en op kantoor door middel van specifieke software toch op soortniveau gedetermineerd kunnen worden. Daarbij heeft EM ervaring met het vaststellen van vliegroutes, foerageergebieden en het tellen van uit- of invliegende dieren bij kraamkolonies, paarverblijfplaatsen en in winterverblijfplaatsen.
Vleermuisonderzoek wordt hoofdzakelijk gedaan wanneer er voor vleermuizen belangrijke structuren worden veranderd of verwijderd. Bijvoorbeeld de kap van een laan bomen, die als foerageergebied of vliegroute kan dienen. Indien de bomen oud genoeg zijn en holten hebben ontwikkeld, of holten hebben die ontstaan zijn door vogels of afgebroken takken, dient ook te worden gecontroleerd op de aanwezigheid van verblijfplaatsen. Ook het slopen van huizen of het aanbrengen van spouwisolatie of een nieuw dak, kan ingrijpende gevolgen hebben op vleermuizen. Een ecoloog moet hiervoor altijd ingeschakeld worden. Vleermuisonderzoek bestaat uit avond- en/of ochtendrondes die in de periode april tot en met november worden uitgevoerd.